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La recherche prouve la consanguinité élevée chez les ovins et caprins


Grâce aux technologies modernes de génotypage de l’ADN, la consanguinité génomique des ovins et caprins peut être déterminée.


dossier edition 23


La consanguinité est un terme à la mode dans le monde de l’élevage, quel qu’il soit. La catégorie des ovins et caprins n’y fait pas exception. Grâce aux technologies modernes de génotypage de l’ADN, il est aujourd’hui possible de révéler des variations spécifiques (marqueurs single nucleotid polymorphism -SNP) à plusieurs milliers d’endroits du génome d’un animal (ensemble de ses chromosomes et de ses gènes), même lorsque les données généalogiques manquent. Les indications ainsi récoltées renseignent sur la diversité génétique d’une race.
 
Plus que des cousins
Ces dernières années, le génotypage a été effectué sur différentes espèces animales. En mai 2019, les résultats d’un projet de recherche qui portait sur les races de chèvres et de moutons présentes en Suisse, financé par l’Office fédéral de l’agriculture (OFAG), ont été publiés dans la revue Recherche agronomique suisse. L’idée, à l’origine du projet, était d’utiliser ces génotypes (patrimoines héréditaires décrits par plusieurs marqueurs SNP) et de les utiliser pour l’estimation de la consanguinité génomique, ceci afin d’informer l’OFAG, les organisations d’élevage et de développer les projets de conservation des races. L’étude menée par la Haute école des sciences agronomiques, forestières et alimentaires (HAFL) à Zollikofen (BE), a porté sur le matériel génétique de 1120 moutons de 11 races et 332 chèvres de 10 races et une consanguinité génétique moyenne de plus de 6,25% a été observée à plusieurs reprises. Ce taux, qui correspond à un accouplement entre cousins, est celui généralement admis comme valeur limite.
 
Consanguinité de pedigree
Habituellement, la consanguinité moyenne est calculée sur la base des informations généalogiques avec deux risques à la clé. Si les informations manquent, elle peut être sous-estimée, si des erreurs subsistent, l’estimation sera erronée. La profondeur de génération considérée dans le calcul a également de l’influence. Pour exemple, un taux de consanguinité pourrait s’élever à 6,25% sur trois générations alors que si le même décompte avait porté sur cinq, le taux serait monté à 12%. Avec les marqueurs génomiques, ces désavantages sont supprimés car le génotype reflète l’histoire entière de l’animal. La consanguinité peut ainsi être décrite. On peut, par exemple, définir si celle-ci est d’origine ancienne ou plutôt récente. Elle est déterminée à partir des régions d’homozygotie (ROH), qui sont de longs segments génomiques homozygotes (identiques par ascendance). Ainsi, on peut, d’une part, mesurer la consanguinité au sein de populations pour lesquelles les informations généalogiques sont lacunaires ou inexistantes (mouton de Saas et l’Ouessant), et, d’autre part, faire ressortir des différences de consanguinité entre pleins de frères et sœurs et révéler quelles régions du génome sont affectées.
 
Résultats sans surprise
La moyenne de consanguinité génomique estimée dans cette étude dépasse les 6,25% au sein des races de chèvres suivantes: la Gessenay (6,7%), la Grisonne à raie (7,6%), la chèvre Bottée (8,7%) la chèvre du Valais (10,8%), la Toggenbourg (10,9%) et la chèvre d’Appenzel (12,4%). Pour les moutons, le Mouton miroir (6,6%), le Roux du Valais (8,3%), le Nez Noir du Valais (8,7%) et l’Ouessant (16%) dépassent la valeur limite. Ces estimations se basent toutefois sur des échantillons limités.
La technologie qui permet ces analyses est certes remarquable mais s’avère onéreuse. «On compte environ 100 francs par bête pour l’établissement du génotype qu’il faudra ensuite analyser, précise le professeur Christine Flury, doyenne du secteur de génétique animale à la HAFL. Mais si les tests d’ascendance, encore basés sur les anciens marqueurs, sont à l’avenir remplacés par le typage SNP – comme c’est déjà le cas depuis 2018 pour les bovins – des analyses régulières sur des échantillons plus conséquents seront à l’avenir possibles.» Les connaissances manquent sur les conséquences dues à la consanguinité. «Le sujet est encore mal étudié chez les petits ruminants», explique Christine Flury. Elle confirme toutefois que les apparentements transfèrent des tares héréditaires et des malformations et diminuent les performances et la santé des animaux. Elles doivent faire l’objet d’autres projets de recherche.

Infos utiles
La consanguinité génétique au sein des races suisses de moutons et de chèvres. HAFL, Zollikofen, ProSpecieRara, Institut de génétique de la faculté Vetsuisse de l’Université de Berne. 
heidi.signer@bfh.ch 
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Des résultats à observer avec un œil avisé
 
 

Selon Erika Bangerter, de la Fédération suisse d’élevage caprin (FSEC), il fallait s’attendre à ce que le taux de consanguinité génomique dépasse celui du pedigree. «L’étude se base sur un échantillon de 322 chèvres dont les génotypes étaient déjà disponibles dans le cadre d’autres projets. Une sélection des animaux n’a donc pas été faite spécialement.» Parmi ces animaux, certains ne sont pas enregistrés au herd-book de la FSEC. L’échantillon est donc relativement petit.

Ancienne consanguinité
Le taux de consanguinité génomique de ces échantillons est comparé au taux de consanguinité basé sur le pedigree de l’ensemble de la population inscrite par race. Les valeurs ne seraient donc que partiellement comparables. Lors du calcul de la consanguinité basée sur le pedigree, le taux de complétude de la généalogie doit également être pris en compte. Si les informations sur le pedigree sont incomplètes, le taux de consanguinité a tendance à être sous-estimé. D’autre part, les ROH peuvent être calculés «sans limite» dans le temps. Des goulets d’étranglement ont ainsi été mis en évidence, lesquels remontent à longtemps. La proportion de consanguinité récente est faible, en particulier pour la chèvre d’Appenzell, qui présente une forte consanguinité génomique. Si l’on se réfère à la période de tenue du herd-book (depuis 1906), les différences entre la consanguinité génomique et du pedigree ne sont pas très importantes. Selon la FSEC, toutefois, il serait insensé de viser un niveau de consanguinité proche de 0% pour une population. Le maintien d’un taux modéré est plus judicieux. Il serait par ailleurs souhaitable de gagner l’adhésion de plus d’éleveurs pour le herd-book, ce qui élargirait le pool génétique.

Deux outils à disposition
Le calcul de consanguinité de la fédération est basé sur cinq générations d’ascendance. En raison du faible pourcentage d’insémination artificielle (99% de saillies naturelles) et de la structure d’âge des populations, la FSEC considère que cela est suffisant. Néanmoins, elle se dit ouverte aux nouvelles technologies. A partir de cette année, par exemple, le typage SNP est effectué, ce qui permettra de poursuivre la surveillance au niveau génomique.La consanguinité basée sur la parenté est et restera toutefois un moyen approprié en particulier pour les animaux qui ne sont pas génotypés. Pour l’ensemble des caprins, près de 37% des animaux sont inscrits au herd-book.

La FSEC soutient les propriétaires de boucs avec un taux de consanguinité adéquat. «Garder des boucs n’est pas très attrayant et leur détention entraîne des coûts», explique Erika Bangerter. Deux outils sont à la disposition des éleveurs. Un est dédié au calcul de la consanguinité, l’autre à la recherche de boucs approprié au troupeau de l’éleveur. La FSEC rappelle qu’il est important d’entreprendre la recherche d’un bouc à temps et pas seulement pendant la saison de reproduction.
MR, le 5 juin 2020.
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La responsabilité de l’éleveur

En ce qui concerne les moutons, «le livre généalogique central de la Fédération suisse d’élevage ovin, tel qu’il est tenu aujourd’hui, existe depuis 1995. Depuis lors, d’autres races ont simplement été ajoutées. Les données disponibles dans le herd-book remontent pourtant à bien plus loin, les plus anciennes sont celles de moutons nés en 1961», explique Christian Aeschlimann, gérant. La base de données de la fédération contient les enregistrements d’environ 140 000 animaux vivants ainsi que les données d’environ 2 millions de moutons. Si la population suisse actuelle de moutons est estimée à 340 000 têtes, ce sont donc moins de la moitié qui sont enregistrés.

En ce qui concerne la consanguinité, les calculs sont appliqués à chaque animal enregistré pour toutes les races figurant dans le registre. Ils sont disponibles sur la feuille de performance. Les éleveurs peuvent aussi utiliser un plan d’accouplement en ligne. A l’avenir, la fédération calculera la présence génétique de chaque bélier. Depuis 2017, ceux-ci doivent disposer d’un profil ADN qui sera comparé, pour autant qu’il existe des références dans les générations précédentes.

«En mettant ces outils à disposition, nous permettons à chaque éleveur de prendre ses responsabilités, ajoute le gérant. Quant à l’étude, elle est bonne et intéressante. Les chiffres correspondent aux constatations que nous avons faites.»

Selon Christian Aeschlimann, l’étude confirme que les races à faible population sont plus menacées que celles à forte population et qu’une grande race locale est plus susceptible d’avoir des problèmes de reconstitution du sang qu’une grande race répandue dans toute la Suisse. 
Martine Romanens, le 5 juin 2020

 

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